यो एक संवैधानिक आयोग हो। नेपालको संविधानको भाग-२६, धारा २५० र २५१ मा यस आयोगको व्यवस्था गरिएको छ। मूलतः यस आयोगले संघ, प्रदेश र स्थानीय तहका सरकारहरूबीच हुने राजस्वको बाँडफाँट र वित्तीय हस्तान्तरणको आधार र ढाँचा तयार पार्ने काम गर्दछ। त्यसैगरी यसले आन्तरिक ऋणसम्बन्धी सिफारिस र प्राकृतिक स्रोतको परिचालनमा तीनै तहको सरकारले गर्ने लगानी र सोबाट प्राप्त हुने प्रतिफलको हिस्सा निर्धारण गरी सिफारिस गर्ने कार्य गर्दछ।
नेपाल सरकारले प्रदेश तथा स्थानीय तहको र प्रदेश सरकारले स्थानीय तहको खर्चको आवश्यकता र राजस्वको क्षमताको आधारमा आयोगको सिफारिसमा प्रदेश र स्थानीय तहलाई राजस्व बाँडफाँट, रोयल्टी बाँडफाँट र अनुदानको रूपमा रकम हस्तान्तरण गर्ने प्रणाली नै वित्तीय हस्तान्तरण हो।
बिभिन्न तहका सरकारको वित्तीय स्रोत आवश्यकतालाई सम्बोधन गर्नका लागि कुनै एक तहको सरकारले सङ्कलन गरेको राजस्वको निश्चित हिस्सा विभिन्न तहका सरकारहरूबीच गरिने बाँडफाँट नै राजस्व बाँडफाँट हो। नेपालको संविधानमा संघीय सञ्चित कोषबाट संघ, प्रदेश र स्थानीय तहमा र प्रदेश सञ्चित कोषबाट प्रदेश र स्थानीय तहमा राजस्व बाँडफाँट गर्नुपर्ने व्यवस्था रहेको छ। अन्तर-सरकारी वित्त व्यवस्थापन ऐन, २०७४ मा संघीय विभाज्य कोषमा जम्मा भएको मूल्य अभिवृद्धि कर र आन्तरिक उत्पादनबाट उठेको अन्त:शुल्कको रकमलाई नेपाल सरकार, प्रदेश र स्थानीय तहहरूबीच क्रमश: ७०%, १५% र १५% रकम बाँडफाँट हुने व्यवस्था रहेको छ।
राष्ट्रिय प्राकृतिक स्रोत तथा वित्त आयोगले राजस्व बाँडफाँटको लागि तयार गरेको बिस्तृत आधार र ढाँचा पाँच वर्षको लागि मान्य हुन्छ। आयोगले प्रत्येक पाँच-पाँच वर्षमा आधार र ढाँचा पुनरावलोकन गरी नेपाल सरकारमा सिफारिस गर्ने व्यवस्था रहेको छ। तर राष्ट्रिय प्राकृतिक स्रोत तथा वित्त आयोग ऐन लागू भएपछिको पहिलो पटक सिफारिस भएको बिस्तृत आधार र ढाँचामा विशेष कारणले पाँच वर्ष अगावै पुनरावलोकन गर्न आवश्यक देखी नेपाल सरकारले आयोगलाई अनुरोध गरेमा आयोगले यस्तो ढाँचामा पुनरावलोकन गर्न सक्दछ। तर यस्तो पुनरावलोकन पाँच वर्षमा एक पटकभन्दा बढी हुने छैन।
नेपाल सरकारले प्रदेश तथा स्थानीय तहको खर्चको आवश्यकता र राजस्वको क्षमताको आधारमा प्रदेश र स्थानीय तहलाई तथा नेपाल सरकारबाट प्राप्त अनुदान र आफ्नो स्रोतबाट उठेको राजस्वलाई प्रदेशले प्रदेशभरका स्थानीय तहको खर्चको आवश्यकता र राजस्वको क्षमताको आधारमा स्थानीय तहलाई आयोगको सिफरिस बमोजिम हस्तान्तरण गर्ने अनुदान नै वित्तीय समानीकरण अनुदान हो।
राष्ट्रिय नीति तथा कार्यक्रम, मानक, पूर्वाधारको अवस्था अनुसार कुनै योजना कार्यान्वयन गर्न नेपाल सरकारले प्रदेश वा स्थानीय तह र प्रदेश सरकारले स्थानीय तहलाई आयोगको सिफारिस बमोजिम उपलब्ध गराउने अनुदान नै सशर्त अनुदान हो। सशर्त अनुदान प्रदान गर्दा नेपाल सरकारले योजना कार्यान्वयन गर्ने सम्बन्धमा आवश्यक शर्त तोक्न सक्नेछ र सम्बन्धित प्रदेश तथा स्थानीय तहले त्यस्तो शर्तको पालना गर्नु पर्दछ। त्यसैगरी प्रदेशले स्थानीय तहलाई प्रदेश कानून बमोजिम आयोगले तोकेको शर्त बमोजिम सशर्त अनुदान प्रदान गर्ने व्यवस्था रहेको छ।
नेपाल सरकारले प्रदेश तथा स्थानीय तहलाई पूर्वाधार विकाससम्बन्धी कुनै योजना कार्यान्वयन गर्न प्रदान गर्ने अनुदान नै समपूरक अनुदान हो। समपूरक अनुदान प्रदान गर्दा योजनाको सम्भाव्यता, लागत, योजनाबाट प्राप्त हुने प्रतिफल वा लाभ, योजना कार्यावन्वयन गर्न सक्ने वित्तीय तथा भौतिक क्षमता वा जनशक्ति, योजनाको आवश्यकता र प्राथमिकताजस्ता आधारहरू लिइन्छ। प्रदेशले स्थानीय तहलाई प्रदेश कानून बमोजिम समपूरक अनुदान प्रदान गर्न सक्नेछ। समपूरक अनुदान कुनै योजनाको कुल लागतको अनुपातका आधारमा प्रदान गरिन्छ।
नेपाल सरकारले शिक्षा स्वास्थ्य, खानेपानीजस्ता आधारभूत सेवाको विकास र आपूर्ति गर्ने, अन्तरप्रदेश वा अन्तरस्थानीय तहको सन्तुलित विकास गर्ने तथा आर्थिक, सामाजिक वा अन्य कुनै प्रकारले विभेदमा परेको वर्ग वा समुदायको उत्थान वा विकास गर्नेजस्ता उद्देश्य राखी प्रदेश तथा स्थानीय तहवाट सञ्चालन गरिने कुनै खास योजनाको लागि प्रदान गरिने अनुदान नै विशेष अनुदान हो। प्रदेशले पनि स्थानीय तहलाई प्रदेश कानून बमोजिम विशेष अनुदान प्रदान गर्न सक्ने व्यवस्था रहेको छ।
राष्ट्रिय प्राकृतिक स्रोत तथा वित्त आयोग ऐन, २०७४ को दफा १४ (१) अनुसार आयोगले प्राकृतिक स्रोतको परिचालनमा नेपाल सरकार, प्रदेश तथा स्थानीय तहले गर्ने लगानीको हिस्सा देहायका आधारमा तय गरी नेपाल सरकारमा सिफारिस गर्नुपर्नेछः
(१) राजस्वको अवस्था र उठाउन सक्ने क्षमता,
(२) लगानी गर्न सक्ने क्षमता,
(३) प्राप्त गर्ने उपलब्धीको हिस्सा,
(४) प्राप्त उपलब्धीको उपभोगको हिस्सा,
(५) पूर्वाधारको अवस्था र आवश्यकता,
(६) आर्थिक अवस्था र भौगोलिक बनोट।
राष्ट्रिय प्राकृतिक स्रोत तथा वित्त आयोग ऐन, २०७४ को दफा १४ (२) अनुसार आयोगले प्राकृतिक स्रोतको परिचालनबाट प्राप्त हुने प्रतिफलको हिस्सा देहायका आधारमा निर्धारण गरी नेपाल सरकारलाई सिफारिस गर्नु पर्दछः
(१) परिचालित प्रकृतिको स्रोतको अवस्थिति,
(२) प्राकृतिक स्रोतको परिचालनबाट प्रभावित क्षेत्र,
(३) परिचालित प्राकृतिक स्रोत उपरको निर्भरता,
(४) प्रतिफलबाट लाभान्वित जनसङ्ख्या,
(५) प्राकृतिक स्रोतमा आश्रित जनसङ्ख्या,
(६) प्राकृतिक स्रोतको संरक्षण र दिगो व्यवस्थापनमा सहभागिता।